版本3.0的重要新功能是Layer，Mac版本在1994年9月发行，而Windows版本在11月发行。尽管当时有另外一个软件Live Picture也支持Layer的概念，而且业界当时也有传言Photoshop工程师抄袭了Live Picture的概念。实际上Thomas很早就开始研究Layer的概念。

　　版本4.0主要改进是用户界面。Adobe在此时决定把Photoshop的用户界面和其他Adobe产品统一化，此外程序使用流程也有所改变。一些老用户对此有抵触，甚至一些用户到在线网站上面抗议。但进过一段时间使用以后他们还是接受了新改变。

　　Adobe这时意识到Photoshop的重要性，他们决定把Photoshop版权全部买断，1995年，Adobe结束了与洛尔兄弟的许可协议，并出资3450万美元买下了Photoshop的所有权！！

　　版本5.0引入了History（历史）的概念，这和一般的Undo不同，在当时引起业界的欢呼。色彩管理也是5.0的一个新功能，尽管当时引起一些争议，此后被证明这是Photoshop历史上的一个重大改进。5.0版本在1998年5月正式发行。一年之后Adobe又一次发行了X.5版本，这次是版本5.5，主要增加了支持Web功能和包含Image Ready 2.0。

　　在2000年9月发行的版本6.0主要改进了其他Adobe工具交换的流畅，但真正的重大改进要等到版本7.0，这是2002年3月的事件。

　　在此之前，Photoshop处理的图片绝大部分还是来自于扫描，实际上Photoshop上面大部分功能基本与从90年代末开始流行的数码相机没有什么关系。版本7.0增加了Healing Brush等图片修改工具，还有一些基本的数码相机功能如EXIF数据，文件浏览器等。

　　Photoshop在享受了巨大商业成功之后，在21世纪开始才开始感到威胁，特别是专门处理数码相机原始文件的软件，包括各厂家提供的软件和其他竞争对手如Phase One（Capture One）。已经退为二线的Thomas Knoll亲自负责带领一个小组开发了PS RAW（7.0）插件。

　　2003年9月，Adobe给大家一个惊喜，新版本Photoshop不叫8.0，而改称为Photoshop Creative Suite。CS版本把原来的原始文件插件进行改进并成为CS的一部分，更多新功能为数码相机而开发，如智能调节不同地区亮度，镜头崎变修正等。

　　Thomas Knoll没有完成他的博士论文，现在和Adobe只有合同关系，和老婆孩子住在密执根的一个1000多平米的大房子。John Knoll继续留在ILM，参与了几个有名的电影制作，如“Mission Impossible”（1996），“Star War Episode I - The Phantom Menace”（1999），虽然ILM使用专业级别软件，传说John还是继续使用Photoshop。老爹Glenn Knoll还在学校教书，也时常去地下室暗房，不过已经完全是电脑暗房。

Photoshop 早期的一些图标